No Windows Server, use o Firewall do Windows com Segurança Avançada.

Exemplo:

1. Abra o menu iniciar → digite wf.msc
2. Clique em Regras de Entrada
3. Crie uma nova regra → Porta → TCP → Informe 80, 443
4. Permitir Conexão
5. Defina o perfil (Domínio, Privado, Público)

Com isso, apenas portas específicas ficam abertas no servidor.